noviembre 30, 2022

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SARS-CoV-2 ha sido detectado en un venado de cola blanca en Canadá

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En un estudio reciente publicado en Microbiología de la naturalezaEn este estudio, los investigadores investigaron la detección del síndrome respiratorio agudo severo coronavirus 2 (SARS-CoV-2) en venados de cola blanca.

estancia: La variante SARS-CoV-2 aparece en el venado cola blanca con transmisión de venado a humano. Crédito de la imagen: Holly Kuchera/Shutterstock

antecedentes

Los reservorios virales generalizados de la vida silvestre pueden facilitar la aparición de variantes virales humanas. Hay evidencia de transmisión filogenética de SARS-CoV-2 de humanos a Odocoileus virginianus o al venado de cola blanca norteamericano. Sin embargo, no hay evidencia de transmisión del virus de los ciervos a los humanos.

sobre estudiar

En este estudio, los investigadores determinaron el alcance de la infección por SARS-CoV-2 en el venado cola blanca y las posibilidades de transmisión del virus del venado a los humanos.

Durante la temporada anual de tiro entre el 1 de noviembre y el 31 de diciembre de 2021, el equipo tomó muestras de 300 ciervos de cola blanca en el este y suroeste de Ontario, Canadá. La mayoría de los venados cola blanca de la muestra eran adultos, con igual proporción de machos y hembras. Se obtuvieron aproximadamente 213 hisopos nasales y muestras de tejido de 294 ganglios linfáticos retrofaríngeos (RPLN). Fueron analizados por reacción en cadena de la polimerasa de transcriptasa inversa (RT-PCR) del ARN (ARN) del SARS-CoV-2.

Se secuenciaron tres genomas de consenso de alta calidad para SARS-CoV-2 a partir de cinco hisopos nasales positivos para SARS-CoV-2 utilizando una técnica estándar basada en amplicón utilizada para estimar el linaje viral y posiblemente inferir relaciones epidemiológicas significativas. Para confirmar, cada muestra se extrajo y secuenció individualmente utilizando un método basado en sondas de captura.

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La prevalencia de las mutaciones se evaluó en la Iniciativa global para compartir todos los datos sobre la influenza (GISAID) y dentro de las variantes derivadas de animales (VOC) para identificar y contextualizar las mutaciones subyacentes. Esto se logró usando cinco secuencias completas derivadas de ciervos combinadas con secuencias derivadas de humanos. El aislamiento viral se realizó en células Vero E6 que expresaban serina 2 de proteasa transmembrana humana (TMPRSS2) para evaluar la infección de muestras positivas para SARS-CoV-2.

consecuencias

De los 213 hisopos nasales recolectados, cinco dieron positivo según los resultados de dos análisis independientes de RT-PCR realizados en instituciones separadas. Además, 16 RPLN fueron validados por PCR. Se encontró ARN del SARS-CoV-2 en 21 muestras, lo que representa el 6% de los ciervos de cola blanca cazados por cazadores furtivos. Todos los animales positivos para SARS-CoV-2 eran ciervos de cola blanca adultos encontrados en el suroeste de Ontario, y la mayoría eran hembras.

La combinación de datos de secuenciación obtenidos del amplicón y la sonda de captura dio como resultado la recuperación de cinco genomas de alta calidad con dos genomas incompletos. La mayoría de las lecturas incompatibles de SARS-CoV-2 coincidieron con el genoma de referencia del venado de cola blanca, lo que indica que la contaminación con secuencias de SARS-CoV-2 de origen humano era muy poco probable. El equipo también observó que los genomas virales derivados de muestras de ciervos crearon un clado muy divergente en el mapeo filogenético B.1 del brote global llamado (PANGO) cepa/clado 20C Nextstrain, que tenía el ancestro común más reciente (MRCA).

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La cepa de ciervo de Ontario forma una rama muy larga con 76 mutaciones de nucleótidos conservadas en comparación con las de la cepa Wuhan Hu-1 SARS-CoV-2 y 49 en comparación con su ancestro común más reciente con otros genomas GISAID. Se estimó que las secuencias derivadas de humanos obtenidas en Michigan, EE. UU., participarían en MRCA entre mayo y agosto de 2020 con la raza de ciervo de Ontario. Estas secuencias obtenidas de humanos están estrechamente relacionadas con un grupo mixto de secuencias de visón y humanos recolectadas en septiembre y octubre de 2020 en Michigan. La raza de venado de cola blanca de Ontario se ha identificado como el pedigrí Pango B.1.641.

De las 76 mutaciones que eran similares entre las seis secuencias de B.1.641, nueve estaban en la espiga (S) del SARS-CoV-2, mientras que 51 estaban en el marco de lectura abierto (ORF)-1ab. Las seis mutaciones no sinónimas en S incluyen cinco sustituciones y seis deleciones de nucleótidos. Estas mutaciones S, con la excepción de H49Y, se desarrollaron antes que la cepa B.1.641 de MRCA compartida por las muestras de Michigan. Además, solo se conservaron unas pocas mutaciones S en B.1.641, S:L1265I y S:613H y fueron exclusivas de la muestra humana. Se detectaron otras tres mutaciones no sinónimas en 4658 o 4662 muestras de venado cola blanca, mientras que 4662S:L959 mostró un cambio de marco.

El equipo observó que cuatro días después de la infección, cuatro muestras mostraron que el 50 % o menos de la monocapa celular se vio afectada por el efecto citopático. En comparación con las secuencias de consenso de hisopos originales, la secuenciación confirmatoria reveló pequeñas diferencias de frecuencia correspondientes a uno o dos cambios de polimorfismo de un solo nucleótido (SNP).

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En contraste con SARS-CoV-2 Omicron, que requirió tres dosis de la vacuna para neutralizar B.1.641S, los sueros de pacientes vacunados que recibieron dos o tres dosis y los sueros de sujetos convalecientes neutralizaron efectivamente todas las proteínas B.1.641S. Es importante destacar que no hubo cambios en la capacidad de neutralización del suero contra el SARS-CoV-2 D614G u otros aislamientos del SARS-CoV-2 del venado cola blanca de Ontario. En conjunto, estos resultados indican que las mutaciones en el gen S del venado cola blanca no tienen un efecto antigénico significativo sobre la antigenicidad.

conclusión

En general, los resultados del estudio destacaron una cepa distinta de SARS-CoV-2 en el venado de cola blanca y proporcionaron evidencia de la adaptabilidad del huésped y la transmisión transitoria del venado a los humanos. El venado cola blanca tiene muchas características esenciales para la sostenibilidad de un reservorio viral, incluido el comportamiento social, poblaciones altamente transitorias con múltiples encuentros entre humanos y venados, altas densidades y relaciones del bosque con otros animales.

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