Ciencia

Las enzimas son sustancias que provocan reacciones químicas. Ciertos tipos de enzimas, como los policétidos sintéticos y las combinaciones de péptidos aneuploides, tienen la capacidad de mezclar sus partes, lo que les permite producir nuevos productos químicos. Si los científicos pueden comprender cómo se mezclan estas enzimas en sus partes, podrán comprender cómo se utilizan para sintetizar millones de moléculas, como productos farmacéuticos y biocombustibles. Sin embargo, la ingeniería de estas enzimas es difícil porque los científicos no entienden completamente cómo funcionan. En este estudio, los investigadores describen las mejoras que hicieron a una herramienta en línea, bloque CADque ayudan a los científicos a diseñar y probar variantes modificadas de enzimas.

La influencia

La ingeniería de estas enzimas clave para producir productos químicos se ha convertido en un enfoque importante en la biología sintética. clúster de CAD Es la única herramienta disponible que ayuda a los investigadores a diseñar estas enzimas para aplicaciones de biología sintética. Los investigadores realizaron nuevas mejoras a la herramienta, incluida una base de datos ampliada, potentes herramientas de búsqueda y nuevas funciones útiles dentro de la interfaz. Estas actualizaciones ampliarán los tipos de productos químicos a los que los científicos pueden acceder mediante enzimas diseñadas con ClusterCAD.

resumen

Los investigadores hicieron varias mejoras a la existente. bloque CAD una herramienta. ClusterCAD es una plataforma en línea gratuita que simplifica el diseño y las pruebas de variantes de enzimas diseñadas para aplicaciones de biología sintética. La herramienta permite a los usuarios buscar conjuntos de genes de policétido sintasa (PKS) y síntesis de péptidos no cromosómicos (NRPS), grupos de genes que codifican vías que pueden producir sustancias químicas.

Con esta actualización, los usuarios ahora pueden diseñar grupos NRPS dentro de la plataforma. Los investigadores también ampliaron la base de datos de colecciones de la plataforma para que fuera más completa e informativa. Otras actualizaciones brindan a los usuarios más colecciones de alta calidad disponibles para el estudio, puntos de partida ampliados para la arquitectura PKS y NRPS, y herramientas de búsqueda y versatilidad de bases de datos mejoradas. Estas actualizaciones permiten a los usuarios explorar más productos químicos que se pueden producir mediante la ingeniería de PKS y NRPS.

financiación

El financiamiento fue proporcionado por la Oficina de Eficiencia Energética y Energía Renovable y la Oficina de Tecnologías de Bioenergía del Departamento de Energía (DOE). El Instituto Conjunto de Bioenergía del DOE también proporcionó fondos, que cuenta con el apoyo de la Oficina de Ciencias y la Oficina de Investigación Biológica y Ambiental del DOE. La financiación también fue proporcionada por la Fundación Philomathia.