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Tecnología Tricorder: Monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos

Tecnología Tricorder: Monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos

Evaluaciones sólidas del microbioma del aire mediante secuenciación con nanoescopeta – biorxiv.org

Nota del editor: Al ingresar a una nave espacial o llegar a un nuevo mundo habitado, es posible que desee tener su propio dispositivo 3D para poder escanear rápidamente la atmósfera que usted y su equipo pronto estarán respirando. Aquí hay un enfoque a considerar al diseñar estos dispositivos 3D utilizando secuenciación de nanoguns.


Si bien se sabe que el microbioma del aire y su diversidad son esenciales para la salud humana y la resiliencia de los ecosistemas, la falta actual de un monitoreo integral de la diversidad del microbioma del aire significa que se sabe poco sobre la composición, distribución o efectos funcionales del microbioma del aire.

Aquí mostramos que la secuenciación de nanoguns puede evaluar de manera sólida el microbioma del aire en combinación con el muestreo activo de aire mediante impacto de líquido y análisis computacional personalizado. Proporcionamos protocolos computacionales y de laboratorio para la elaboración de perfiles del microbioma del aire y evaluamos de manera confiable la composición taxonómica del microbioma del aire subyacente en ambientes naturales controlados.

Basándonos en ensamblajes de novo de lecturas de secuencias largas, también identificamos taxones de varios microorganismos aéreos hasta el nivel de especie y anotamos sus funciones ecosistémicas, incluido su papel potencial en los procesos de biodegradación natural.

Dado que el monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos se puede utilizar de manera automatizada, rápida y portátil para aplicaciones in situ en todo el mundo, imaginamos que este enfoque puede ayudar a explorar de manera integral el papel del microbioma del aire.

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Evaluaciones sólidas del microbioma del aire mediante secuenciación con nanoguns. A. Colisión de líquidos y cascada de nanoagujeros en invernadero (Gh) como ambiente controlado. B. Distribución de longitud de lectura de secuenciación de nanoporos en muestras de 1 h y 3 Gh. CD. Número de lecturas de secuencia total, lecturas de mapeo a nivel taxonómico y de género, así como a los 20 géneros más comunes utilizando Kraken2 (Materiales y métodos) en muestras de C. 1h y D. 3-Gh; El umbral de reducción entre muestras se indica mediante la línea horizontal discontinua. E.F. Composición taxonómica de especímenes de E. 1 y F. 3h después de la reducción basada en los 20 géneros más dominantes entre los especímenes. gramo. Monitoreo del microbioma del aire en el ambiente natural (Nat). H. Distribución de longitud de lectura de secuencia de nanoporos en muestras Nat de 3 h y 6 h. IJ. Número de lecturas de secuencia total, lecturas de mapeo a nivel taxonómico y de género, así como los 20 géneros más dominantes utilizando Kraken2 en muestras de I.3h y J.6-Gh; El umbral de reducción entre muestras se indica mediante la línea horizontal discontinua. Kuala Lumpur. Composición taxonómica de los especímenes K.3h y L.6h después de la reducción basada en los 20 géneros más comunes entre los especímenes. – biorxiv.org

Monitoreo del aire mediante secuenciación de nanoporos.biorxiv.org

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